工程争议是指在工程合同订立和全面履行之前，当事人对合同条款理解模糊或违反合同、不履行合同中的义务而产生的争议。工程合同纠纷的原因非常复杂，但常见的纠纷有以下几种。
一、工程价款支付主体纠纷
承包商拖欠巨额工程款已成为整个建设领域的普遍现象。往往项目的发包人并不是项目真正的施工单位，也不是项目的业主。在这种情况下，发包人通常不具备支付工程价款的能力，承包人应向谁主张权利以保护其合法权益将成为争议的焦点。这种情况下，包工头要理顺关系，寻找突破口，向真正的用人单位主张权利，确保合法权益不受侵害。
二。进度款支付、竣工结算、价格评估纠纷
虽然在施工合同中已经列出了工程量，并约定了合同价格，但实际施工中会有很多变化，包括设计变更、工程师发出的变更单、现场条件的变化、计量方法引起的工程量增减等。这种工程量的变更几乎每天或每个月都会发生，承包商通常会将其列在自己的月度进度款申请中，希望获得(额外)付款，但往往会因为与工程师意见不一而被拒绝或拖延。实际完成的无报酬工作量可能在施工后期因积累而增加到大量，雇主更不愿意支付，从而引起更大的分歧和纠纷。
在整个施工过程中，业主在按进度支付工程款时，往往会根据工程师的意见，扣除他们没有确认的金额或已完工有质量问题的应付金额。这笔未付的款项，累积起来也可能形成一大笔钱，让承包方觉得难以承受，引发纠纷，而且这种纠纷在施工中后期可能会越来越严重。承包商会认为工程进度因工程款支付不足而不得不放缓，而发包人会认为即使工程进度延迟也不可能再向承包商支付任何款项，形成恶性循环，激化纠纷。
更有甚者，大量雇主在资金落实之前就开始了项目建设。于是，发包人千方百计要求承包人提前施工，不支付预付款，尽可能拖延进度款的支付，拖延工程结算和工程价款评估的进程。导致包工头的权益无法得到保障，最终引发争议。
三。工期延误纠纷
一个项目的延期往往是由复杂的原因造成的，往往很难分清各方的责任。许多合同条件中都规定了逾期完工的违约金。经常可以发现，发包人要求承包人承担因工程逾期完工的违约责任，而承包人却因发包人的诸多原因和不可抗力提出相应顺延工期。有时，承包人还要求发包人承担工期延长的停工、窝工费用。
四。安全损害赔偿纠纷
安全损害赔偿纠纷包括相邻纠纷造成的损害、设备安全、施工人员安全、施工造成的第三方安全、工程本身的安全事故。其中，相邻项目之间的纠纷发生频率越来越高，涉及的主体和财产价值越来越多，成为老百姓非常关心的问题。《建筑法》第三十九条规定:“施工现场可能对相邻建筑物、构筑物和特殊作业环境造成损害的，建筑施工企业应当采取安全防护措施。”
五、工程质量和保修纠纷
质量纠纷包括工程使用的材料不符合合同规定的技术标准，提供的设备性能规格不符，或生产不出合同规定的合格产品，或经性能测试达不到规定的产量要求，施工安装存在严重缺陷等。这种质量纠纷主要表现在施工过程中:工程师或业主要求拆除不合格材料，或返工，或返修后降价处理。对于设备质量问题，常见的是调试和性能测试后，发包人不同意验收交接，要求更换设备或部件，甚至退货并赔偿经济损失。承包商认为缺陷可以纠正或已经纠正；关于生产设备的质量，认为是性能测试方法错误，或制造产品所用的原材料不合格或操作有问题等。，而质量纠纷往往会演变成责任纠纷。
此外，保修期内的缺陷修复问题往往是发包人和承包人争议的焦点，尤其是发包人要求承包人修复工程缺陷而承包人拖延修复，或者发包人委托第三方修复工程缺陷而不通知承包人。在这种情况下，发包人应从预留的保修金中扣除相应的修复费用，而承包人主张缺陷的原因不是承包人或发包人未履行通知义务，修复费用未经其确认未予约定。
