公积金贷款扣款方式主要有两种，一种是从公积金账户扣钱来还款;一种是从提供的储蓄卡还款账户里扣款，比如住房公积金联名卡，具体从哪里扣款，这个要看贷款银行和贷款人签订的贷款合同中是如何约定的。
1、扣公积金账户里的钱：
如果贷款人签订的贷款合同中约定的扣款方式为公积金按月冲贷，则公积金管理中心每月20会将公积金账户余额打到还款卡上，由银行从还款卡里扣钱会收贷款本息。
这个就需要时刻留意公积金账户的余额情况，在账户余额不足时一定要在银行扣款之前往还款卡里存钱。比如有的公司可能会因为种种原因，当月没有及时给员工缴公积金，如果贷款人公积金账户里没钱，又没有及时往还款卡里存钱，银行扣款失败就会逾期。
2、扣还款卡账户里的钱：
有的贷款人虽然交了公积金，但是公积金月缴额太低，不足以抵扣每月还款金额，可能就会选择往还款卡里扣钱，自己每个月往还款卡里存钱让银行扣款，公积金账户里的钱就不会动。
这样可以等公积金账户里的钱多了之后，可以将其提取出来用于支付物业管理费，房租，建造、翻建、大修自住住房;或者是离退休时直接提取等等。
