两种证件最重要的区别就是在于两者所起到的作用跟法律概念都是不一样的。房产证是代表着当事人对于购买的房屋拥有了合法的所有权，但是房屋他项权证是贷款买房的时候才需要办理的证件，代表着银行对房屋也是有权处置的，房产证是买房的人自己持有的，房屋他项权证是银行要保存的。
现在无论一次性购房还是贷款购房，产权证都是产权人自己拿着。
如果是贷款购房，他项证就相当于副证，用于银行抵押的。一次性购房不会有他项权证。
1、房屋他项权证是房屋产权登记机关颁发给抵押权人或者典权人等他项权利人的法定凭证。房屋他项权证书由他项权利人收执。他项权利人依法凭证行使他项权利，受国家法律保护。
房产的他项权是指除产权人及共有权人以外的其他团体或者个人对该房产涉及的权利，通常是指抵押权利，他项权证由他项权人持有。一般房产购买时，选择按揭贷款时，在房屋所有权证书中，会有他项权利内容记载，载明他项权利人、权利种类(如典权、抵押权等)、权利范围(他项权利的房屋范围)、权利价值(他项权利的契载价格)、权利存续期间(契载期限)、注销日期(他项权利消失的日期)，并且在他项权证书也注明这些内容。根据规定，房产设有抵押，即他项权证未注销，该房产处置权受到限制，未经抵押权人同意不得进行合法交易，不能办理产权过户等相关手续。
2、房产证是购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。即房屋所有权证，是国家依法保护房屋所有权的合法凭证。房屋所有者凭证管理和使用自己的房屋。房产证包括房屋所有权证和房屋共有权证，在通常意义上，房产证是房屋所有权证的简称，是由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证。按照我国现行的房屋所有权登记制度，房屋登记是城镇房屋权利归属的法定公示方法。
