高等教育自学考试的主考学校是由省考委遴选的专业师资力量较强的全日制普通高等学校。主考学校在高等教育自学考试工作中接受省考委的领导，参与计划制订、教材编写、命题和评卷等，负责有关实践性学习环节的考核，在毕业证书上副署校印，并办理省考委交办的其他有关工作。
自考中每一专业对应一个主考院校，但也有个别专业，专科段和独立本科段是由不同的学校来主考的，把所学专业全部通过并经过毕业论文答辩合格后就颁发主考院校的毕业证书，但并不等于只有主考院校能开设这个专业的学习，只要具有高等教育资质的学校，经当地省考委批准后可开设由其他学校主考的专业。
目前我省高等教育自学考试的主考学校有：南京大学、东南大学、南京师范大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、苏州大学、南京财经大学、扬州大学等30余所高等院校。
