肠在进化过程中一方面是增加分化程度，一方面是增加消化吸收面积。肠的分化程度与动物的进化水平有关，也与食性密切联系。文昌鱼、无颌类、硬骨鱼的肠尚无明显分化。软骨鱼的肠已分为十二指肠、螺旋瓣肠和直肠三部分。两栖类有小肠和大肠的分化，但大肠很短。爬行类在小肠与大肠间第一次出现了盲肠。鸟类有一对盲肠，在草食性和某些杂食性的鸟类身上，盲肠非常发达。哺乳类的小肠分化为十二指肠、空肠和回肠，大肠分化为盲肠、结肠和直肠。单室胃的草食兽类盲肠很大，在其中进行着植物纤维质的发酵分解，即微生物消化。
增加肠的消化吸收面积有多种方式：七鳃鳗沿肠管有螺旋状的粘膜褶伸入肠腔内，称盲沟。鲨鱼等软骨鱼依靠肠内的螺旋瓣来增加肠的面积。现代陆生四足类都不再保留螺旋瓣的结构。硬骨鱼类没有螺旋瓣，但在一些种类，胃和肠的交界处生有数目不等的盲囊状突起，称幽门盲囊。多数脊椎动物是靠增加肠的长度来增加面积。植物食性的肠比例较长，肉食性的肠较短。增加小肠的吸收面积还靠小肠粘膜向管腔突出形成绒毛，消化分解后的简单物质都可以通过绒毛的上皮细胞，吸收入绒毛的毛细血管和乳糜管中。
